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A Spirulina platensis é uma microalga com inúmeras propriedades e qualidades nutricionais, que tem vitaminas e antioxidantes que podem ser utilizadas para fins alimentícios, farmacêuticos, entre outros. No entanto, os altos teores de água presentes nesse material dificultam sua utilização, sendo necessário, portanto, um método de secagem para torná-la apta para o uso e armazenamento. Dentre as técnicas existentes, destaca-se a secagem por micro-ondas, reconhecida pelos baixos tempos de processo e eficiência energética. Neste trabalho avaliou-se a secagem da Spirulina em micro-ondas de forma contínua e intermitente, nas potencias de 200W, 280W, 480W, 600W e 800W, e seus efeitos nas concentrações dos compostos bioativos presentes no material (fenólicos, flavonoides, ficocianina e ácido cítrico). Verificou-se que apesar da degradação de parte dos bioativos após a secagem, foi possível obter, em condições específicas, teores mais elevados em potências intermediárias, principalmente se realizada de forma intermitente.