Junho 2019 vol. 2 num. 1 - Encontro Anual da Biofísica 2019

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COMPATIBILIDADE DE PARÂMETROS DO CAMPO DE FORCA GROMOS PARA LIPOPOLISSACARÍDEO COM MODELOS DE AGUA SPC/E, RAIO DE CORTE SIMPLES PARA TERMOS NÃO-LIGADOS E CARGAS ATÔMICAS: PROPRIEDADES DINÂMICAS

COMPATIBILIDADE DE PARÂMETROS DO CAMPO DE FORCA GROMOS PARA LIPOPOLISSACARÍDEO COM MODELOS DE AGUA SPC/E, RAIO DE CORTE SIMPLES PARA TERMOS NÃO-LIGADOS E CARGAS ATÔMICAS: PROPRIEDADES DINÂMICAS

Lima, Manoela P. M. ; Nader, Manuela ; Santos, Denys E. S. ; Soares, Thereza A. ; , ;

Artigo:

O primeiro conjunto de parâmetros atômicos para lipopolissacarídeos (LPS) foram desenvolvidos e validados [1,2] através de simulações atomísticas de membranas externas bacterianas;[3,4] e de porinas imersa nestas matrizes.[5,6]. Avanços na área de caracterização experimental de estruturas de carboidratos e membranas tornaram necessário o refinamento e re-parametrização de um novo conjunto de parâmetros atômicos para membranas LPS compatíveis com os novos resultados experimentais. Com este intuito, um conjunto de parâmetros atômicos específicos para LPS e compatível com o campo de força AMBER foi desenvolvido para reproduzir propriedades estruturais de membranas de LPS do quimiotipo rugoso (Rough LPS) [3]. Este conjunto de parâmetros foi validado através da comparação de simulações da ordem de 1 s com medidas experimentais disponíveis na literatura, mostrando um desempenho satisfatório na reprodução de propriedades estruturais, de solvatação e eletrostáticas. Subsequentemente este conjunto de parâmetros foi expandido para a representação de quimiotipos de LPS [7,
8]. 
 e a investigação do efeito de diferentes cátions [9] e peptídeos antimicrobianos no polimorfismo supramolecular de membranas lipopolissacarídicas [10,11]. Adicionalmente, o campo de força GROMOS foi expandido para a inclusão de parâmetros para membranas lipopolissacarídicas [4,
11]. O desenvolvimento e validação dos parâmetros atômicos clássicos através da reprodução criteriosa de medidas experimentais para membranas lipopolissacarídicas possibilitou a investigação de novos fenômenos moleculares. Um exemplo é o efeito de diferentes cátions na estabilidade e dinâmica estrutural de agregados lipopolissacarídicos [9].

Artigo:

O primeiro conjunto de parâmetros atômicos para lipopolissacarídeos (LPS) foram desenvolvidos e validados [1,2] através de simulações atomísticas de membranas externas bacterianas;[3,4] e de porinas imersa nestas matrizes.[5,6]. Avanços na área de caracterização experimental de estruturas de carboidratos e membranas tornaram necessário o refinamento e re-parametrização de um novo conjunto de parâmetros atômicos para membranas LPS compatíveis com os novos resultados experimentais. Com este intuito, um conjunto de parâmetros atômicos específicos para LPS e compatível com o campo de força AMBER foi desenvolvido para reproduzir propriedades estruturais de membranas de LPS do quimiotipo rugoso (Rough LPS) [3]. Este conjunto de parâmetros foi validado através da comparação de simulações da ordem de 1 s com medidas experimentais disponíveis na literatura, mostrando um desempenho satisfatório na reprodução de propriedades estruturais, de solvatação e eletrostáticas. Subsequentemente este conjunto de parâmetros foi expandido para a representação de quimiotipos de LPS [7,
8]. 
 e a investigação do efeito de diferentes cátions [9] e peptídeos antimicrobianos no polimorfismo supramolecular de membranas lipopolissacarídicas [10,11]. Adicionalmente, o campo de força GROMOS foi expandido para a inclusão de parâmetros para membranas lipopolissacarídicas [4,
11]. O desenvolvimento e validação dos parâmetros atômicos clássicos através da reprodução criteriosa de medidas experimentais para membranas lipopolissacarídicas possibilitou a investigação de novos fenômenos moleculares. Um exemplo é o efeito de diferentes cátions na estabilidade e dinâmica estrutural de agregados lipopolissacarídicos [9].

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DOI: 10.5151/biofisica2019-45

Referências bibliográficas
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  • [27] POGER, D.; VAN GUNSTEREN, W. F.; MARK, A. E. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1117.
  • [28] POGER, D.; MARK, A. E. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4807.
Como citar:

Lima, Manoela P. M.; Nader, Manuela; Santos, Denys E. S.; Soares, Thereza A.; , ; "COMPATIBILIDADE DE PARÂMETROS DO CAMPO DE FORCA GROMOS PARA LIPOPOLISSACARÍDEO COM MODELOS DE AGUA SPC/E, RAIO DE CORTE SIMPLES PARA TERMOS NÃO-LIGADOS E CARGAS ATÔMICAS: PROPRIEDADES DINÂMICAS", p. 148-150 . In: Anais do Encontro Anual da Biofísica 2019. São Paulo: Blucher, 2019.
ISSN 2526--607-1, DOI 10.5151/biofisica2019-45

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